1995. gada 10. maijā LR Izglītības un zinātnes ministrija dibināja valsts bezpeļņas organizāciju „Profesionālās izglītības attīstības programmu aģentūra" (PIAPA). Tās sākotnējais darbības mērķis bija sekmēt profesionālās izglītības politikas un stratēģijas attīstību, koordinējot, plānojot un sagatavojot starptautisko palīdzības līdzekļu (PHARE) programmu un projektu izmantošanu valsts profesionālās izglītības attīstībai un integrācijai Eiropas Savienībā. Jau kopš aģentūras pirmsākumiem tās direktore ir Dita Traidās.

Latvijai iesaistoties Eiropas Savienības pirmspievienošanās procesā, 1997. gada pavasarī Izglītības un zinātnes ministrija uzdeva PIAPA sagatavoties līdzdalībai Eiropas Kopienas Profesionālās izglītības darbības programmā Leonardo da Vinci. 1998. gada novembrī Latvija kļuva par Eiropas Kopienas izglītības programmu pilntiesīgu dalībvalsti. Leonardo da Vinci programmas 1. un 2. posma īstenošanai PIAPA ir rīkojusi informācijas pasākumus, organizējusi projektu konkursus, konsultējusi projektu pieteicējus, pārbaudījusi projektu atbilstību, kā arī citādi nodrošinājusi programmas attīstību.

Apliecinot savu kompetenci, kā arī spēju efektīvi un profesionāli darboties PIAPA ieguva aizvien jaunas funkcijas. 2000. gadā aģentūrai papildus uzticēja iesaistīties ES Euroguidance centru tīklā. šim nolūkam aģentūrā izveidoja Profesionālās orientācijas informācijas centru (POIC), kas nodrošina informācijas uzkrāšanu un apmaiņu ar līdzīgiem centriem Eiropas Kopienas un Eiropas Ekonomiskās zonas valstīs par izglītības un karjeras iespējām.

2003. gada beigās Izglītības un zinātnes ministrija uzdeva Profesionālās izglītības attīstības programmu aģentūrai sagatavoties, lai no 2004. gada 1. janvāra tā varētu iesaistīties ES struktūrfondu līdzekļu apguvē un administrēšanā izglītības un tālākizglītības jomā.

2004. gadā PIAPA paplašināja savas kompetences un kļuva par otrā līmeņa starpniekinstitūciju Eiropas Sociālā fonda (ESF) administrēšanā, tādējādi iegūstot jaunu darba uzdevumu - nodrošināt ESF finansēto aktivitāšu ieviešanu, uzraudzību un kontroli.

2004. gada 1. jūlijā valsts bezpeļņas organizāciju „Profesionālās izglītības attīstības programmu aģentūra" reorganizēja un izveidoja valsts aģentūru „Profesionālās izglītības attīstības aģentūra" (PIAA). Aģentūrā pārveidoja organizatorisko struktūru, izveidojot Leonardo da Vinci daļu un Profesionālās orientācijas informācijas daļu, iedalot administratīvās, finanšu un audita funkcijas attiecīgās struktūrvienībās, kā arī izveidojot jaunu struktūrvienību - Eiropas Sociālā Fonda ieviešanas daļa.

Kopš reorganizācijas PIAA ir Izglītības un zinātnes ministrijas pārraudzībā esoša valsts iestāde. Tā pārņēma visas PIAPA funkcijas un saistības un turpina darboties, lai sekmētu izglītības, tālākizglītības un zinātnes attīstību un politikas īstenošanu.

2005. gada vasarā aģentūra nosvinēja savu darbības pirmo desmitgadi, kā arī mainīja savu mājvietu Rīgā no Vaļņu ielas 2 uz Vaļņu ielu 1. Šajā laika posmā aģentūra attīstījusies un augusi ne tikai profesionāli, vairākkārtīgi pieaudzis arī aģentūras darbinieku skaits.

2007. gada 1. maijā Profesionālās izglītības attīstības aģentūra (PIAA) nomainīja nosaukumu, un tagad tā ir Valsts izglītības attīstības aģentūra (VIAA). Nosaukuma maiņa saistīta ar aģentūras funkciju paplašināšanos uz citām izglītības jomām, ne tikai profesionālo izglītību.

Kopš 2007. gada aģentūra pilda arī sadarbības iestādes funkcijas Eiropas Reģionālās attīstības fonda (ERAF) vadībā, nodrošinot ERAF finansēto aktivitāšu ieviešanu, uzraudzību un kontroli.

Kopš 2009. gada jūnija aģentūras kompetencē nodotas likvidētā Izglītības inovāciju fonda funkcijas.

No 2010. gada 1. janvāra VIAA pārņem Akadēmisko programmu aģentūras (APA) funkcijas.